L'orgue a été transformé plusieurs fois pendant les derniers siècles. Déjà en 1653 les deux frises (compartiments supérieurs des plates-faces médianes) en témoignent. Elles portent une inscription gravée: CEST « ORGUE » A ESTE »REFAICT »1653 M »T »BEIARD »RECEVEUR »DE »CEANS 

Le facteur d'orgue Tribuot effectue en 1695 des travaux d'envergure : changements des sommiers et augmentation du nombre des jeux, ce qui a mutilé la stabilité et l'aspect visuel du buffet. En 1843 suit un grand relevage de la maison

Daublaine-Callinet avec remplacement de la soufflerie et des claviers. De nombreuses pièces étaient réemployées ou sinon déposées dans les combles. 

Étant donné l'état du buffet dans son entourage d'origine et les tuyaux de façade exceptionnels, il a été décidé de restaurer l'instrument dans son état Renaissance de 1568. 
 

Avant de commencer la restauration des parties de 1568 et la reconstruction des parties manquantes de l'orgue, nous avons visité quelques orgues Renaissance : le plus proche en âge et en construction est celui de Saint-Savin, dans les Pyrénées, daté de 1557. Sommier chromatique, avec des pièces gravées pour la façade et des chapes débordant le sommier, clavier de 38 notes avec même étendue, tirage des notes direct, tirant en biais et en éventail. Cela nous a guidés pour le peu de parties pour lesquelles nous n'avions pas eu de modèles.